生物安全柜日常維護清潔很重要，能夠防止病毒的滋生和外泄，維護良好的實驗環(huán)境，保護實驗人員的健康安全。

采用過氧化氫蒸汽對生物安全柜進行消毒，通常發(fā)生器通過一個噴射接口與主艙體連接，已經有部分型號的安全柜提供此接口，同時有門封板將前面的操作口進行密封。如果這兩個配置都沒有的話，可以使用一個臨時的門封板，并且已經預裝好了合適的連接接口，將其安裝在前面操作口上，通過門封上的接口將過氧化氫蒸汽噴入生物安全柜內。

通常蒸汽回路連接于安全柜排風過濾器的后面，當然確切的連接類型和位置取決于帶消毒的生物安全柜的型號。在更換過濾器或對安全柜進行維護時，這種連接會推送過氧化氫蒸汽穿過安全柜的排風過濾器并將其徹底消毒。

只對主艙體進行消毒也是可行的，可用于準備下一個實驗前殺滅艙內及工作臺下面的所有微生物，避免交叉污染。這種方案相比對主過濾器消毒循環(huán)時間變短，使用的過氧化氫也更少。

所有生物安全柜都有或多或少的氣體泄漏，為了確保過程的安全，過氧化氫發(fā)生器可以保持一個不大的負壓狀態(tài)，保證在滅菌過程中過氧化氫蒸汽不會從艙體泄漏到實驗室。這個功能是在消毒前通過在門封板上安裝連接一個小型壓力控制管來獲得。

對于生物安全柜的清潔首先清除生物安全柜的污染時，要使用能讓甲醛氣體獨立發(fā)生、循環(huán)和中和的設備。應當將適量的多聚甲醛（空氣中的終濃度達到0.8%）放在電熱板上面的長柄平鍋中（在生物安全柜外進行控制）。

然后將含有比甲醛多10%的碳酸氫銨置于另一個長柄平鍋中（在生物安全柜外進行控制）。在柜外將該平鍋放置到第二個加熱板上，在安全柜外將電熱板接上插頭通電，以便需要時在柜外通過開關電源插頭控制盤子的操作。

然后拔掉電插頭，接通生物安全柜電源兩次，每次啟動約2秒鐘來讓碳酸氫銨氣體循環(huán)。在移去前封閉板（或塑料布）和排氣口罩單前，應使生物安全柜靜置30min。使用前應擦掉生物安全柜表面上的殘渣。